Начнем с мелких изменений шаблона сайта

изменение картинки в левом углу страницы рядом с адресом - favicon.ico

если в шаблоне был favicon.ico то можно его заменить своим
а если не было  то нужно подредактировать файл templateDetails.xml
вставить строчку

 <filename>favicon.ico</filename>

убрать фон сайта из окна редактора админки

проблема скорей всего в дополнительном редакторе ,тут нужно в его настройках указать откуда брать стиль
в JCE Editor Setup это будет css/editor.css

вот его содержимое

body{
  margin:0px;
  padding:0px;
  background: #FFF;
  background-image: none;
}

закинуть этот файл в /css и все

хотя не все)

иногда в файл template.css тоже может быть вставлено чтото типа

body{

}

удалить это полностью и продолжать полет дальше..

как на главной странице изменить название

Идем Все меню — Главное меню.
Выбираем «Главная» и нажимаем редактировать.
Справа вы найдете закладку «Параметры — Система»:
находим  «Заголовок страницы» — сюда вписываете вместо «главная страница», новое название главной страницы. Этот текст и будет отображаться в теге title главной страницы.
дальше находим  «Показать заголовок страницы» — если не хотите что бы длинное название публиковалось на самой странице нужно выбрать «нет».

Теперь начнем измененять шаблон сайта посерьезнее.

изменение позиции модуля в шаблоне.

для примера возьмем позицию user4 (в ней по умолчанию сидит поиск) или добавим новую названием "poisk"
если это новая то позицию нужно создать
для этого..

Первое.
 Зайти в папку шаблона и открыть  файл "templateDetails.xml"
 и затем в секцию "positions" добавьте свою новую позицию в виде тега,
 имя не должно содержать спец знаков и русских букв.
 Например так (для новой позиции с названием "poisk")
 
Второе.
 Откройте основной файл шаблона ("index.php")
 и тут надо найти место где будет сидеть блок, если позиция absolute то вписать можно в любое место
                                               если позиция relative то надо вписать в то место
                                                                     после которого он будет позиционироватся
 следующую строку:
 
 <div id="user4"><jdoc:include type="modules" name="user4" /></div>
   
Третье.
  Откройте  файл  template.css
 
  #user4 {
 position: absolute;               положение блока, и варианты  ( relative; fixed;)
 height: 200px;                    высота блока,  отступ в низ в случае ( relative; fixed;)
 width: 200px;                     ширина блока
 overflow: hidden;
 left: 100px;                     
 top: 100px;                      
 
}